Se ho capito bene il tuo problema... certo che si puo fare, ti basta estrapolare tutto subito da mysql, e creare un array di array che rispecchi completamente la struttura del tuo albero e quindi usare una funzione ricorsiva che lo scorre.

Detta cosi pero è un po vaga perche non vedendo il codice non so "contestualizzare" la soluzione.

Gabriele