Amico mio... un topic di 1000 pagine non basterebbe

Se vieni dalla programmazione hai sicuramente dalla tua una base piu ordinata di quanto php non abbia di suo. Purtroppo (e per fortuna) php è un linguaggio debolmente tipizzato che ti permette di fare cose straordinarie ma anche cose molto disordinate e con poco criterio ma che... funzionano lo stesso.

Ho passato la tua stessa esperienza e posso dire, con senno di poi, che se vuoi sviluppare un gestionale (con tutte le sue possibili sfaccettature) devi partire molto da lontano e pianificare con attenzione ogni componente e passaggio.

A mio parere potresti trovare molto interessante il design pattern MVC (mode - view - controller). Ci vorrebbe tempo per entrare nei dettagli sul mvc qui online. Potresti iniziare dallo Zend Framework che oltre a garantirti una mole di classi molto utili per le piu disparate funzionalita in php (dalla gestione dei database all'invio di mail) si basa proprio sul design pattern mvc.

Infine, per quanto riguarda html e php... è buona pratica separare html e php utilizzando magari un template engine (senza buttarsi necessariamente su smarty che è il più famoso ma anche pesante e macchinoso).

Gabriele