JavaScript non può salvare nulla su disco, a meno di non ricorrere a componenti ActiveX o altro. Lo stesso dicasi per l'accesso via FTP.

Piuttosto che cercare ActiveX vari (con i relativi problemi di compatibilità tra browser), io mi chiederei se quello che vuoi fare tu ha senso farlo lato client con JavaScript o è meglio farlo con una qualsiasi altra tecnologia lato server (PHP, Java, .NET ...). Qui è tutto molto più semplice e senza limitazioni.