Non c'è un comando per leggere "stringhe binarie"... leggi il file originario byte per byte con una semplice fscanf(), ottieni i singoli bit che li costituiscono con gli operatori bitwise e li scrivi (come caratteri) in un file di output. Completata l'operazione, apri il file di output così ottenuto e leggi 8 caratteri (=bit) alla volta (magari con una fgets()), ne ottieni il valore numerico corrispondente (ossia il byte) e lo scrivi in un altro file di output. Se il programma è corretto, questo secondo file sarà identico a quello originario (della serie: se era un mp3, aprilo con un media player e ascolta la musica!)