Teoricamente dovrebbe funzionare:

1) crea una variabile booleana a livello di form che userai come un flag.
2) quando sei tu ad aprire una finestra di dialogo, imposti il flag a True.
3) nell'evento Deactivate, o LostFocus, prima verifichi questo flag, e fai eseguire il codice solo se è False.
4) infine, nell'evento Activate del form imposti il flag a False