penso sia corretto, in fondo non c'è un metodo preciso, ogniuno fa come crede e nel modo più semplice.
per cancellare tutti gli utenti con lo stesso id dell'azienda fai


mysql_query("DELETE FROM utenti WHERE id_azienda=$id_azienda");
poi elimini l'azienda

mysql_query("DELETE FROM aziende WHERE id_azienda=$id_azienda");

per riportare a 0 fai

mysql_query("UPDATE aziende SET indice_idazienda=0 WHERE id_azienda='$id_azienda'");