Non so bene a quanto sia impostato il valore di max_allowed_packet del tuo server mysql, ma se è sufficientemente grande puoi fare l'inserimento con una sola query, ti ricordo che la sintassi di inserimento multiplo è:

codice:
INSERT INTO tbl_name (a,b,c) VALUES(1,2,3),(4,5,6),(7,8,9);
Si tratta solamente di costruire la stringa di query.

Ciao.