I dati introdotti nei capi del form sono sempre di tipo stringa... per farci delle operazioni matematiche devi prima convertirli in numero con la funzione

numero = parseInt(stringa);

Oppure, come hai fatto per i primi due, forzarne l'interpretazione moltiplicandoli per un numero...

var sec_in_ss = sec * 1;
var risultato = ore_in_ss + min_in_ss + sec_in_ss;

ciao