Siamo leggermente OT comunque...

una parte in <head>.....
quindi si tratta di un menu che usa javascript?... se il codice js non necessita di futuri cambiamenti lascialo com'è ora...
praticamente cosa dovrei fare, copiare in un file php il sorgente in html?
esattamente...copia il tuo menu in un file esterno chiamandolo es: menu.php
Nella index del sito, rinominata con estensione php, nella tabella che contiene ora il menu metto il comando "include" e si posiziona come l'attuale? Ho capito bene?
esatto

tutte le pagine dove inserisco l'include (praticamente tutte quelle dove deve esserci il menu) devo rinominarle con estensione php?
si

se vuoi posta il codice html

ciao