Per lo spazio non avere paura! Aggiornando da terminale viene detta la variazione di spazio che sarà effettuata, e non poche volte mi è capitato di vederla negativa quindi in realtà di spazio se ne è liberato!

Per quanto riguarda i "casini" anche! Rischi molto di più ad aggiornare solo alcune cose perchè i test che vengono fatti partono su un sistema ggiornato alal versione precedente! Quindi potresti trovarti con il software Y aggiornato che non funziona più decentemente (o si presentano bug inattise) perchè tu hai una libreria X installata, mentre è stato testato con la X+1!!!
Infatti i pacchetti indispensabili vengono quasi sempre aggiornati in un blocco unico e tu puoi farci poco (se non da linea di comando e comunque usando opzioni avanzate!).

Ricorda che non sei più su windows, linux nasce come sistema operativo ad alta affidabilità, quindi gli aggiornamenti sono pensati per risolvere problemi e solo raramente li creano!! Se vuoi puoi non aggiornare per nulla, ma aggiornare solo parzialmente non è comunque il metodo più sicuro per non averne!