Secondo me (ma vado ad intuito, vediamo se arriva qualcuno più esperto di Excel) i collegamenti nel primo file (e quindi nella prima sessione) "non sanno" che esiste una seconda sessione aperta (con il secondo file)

Sarebbe forse necessario utilizzare un "indirizzamento" più completo... che indichi cioè non solo la cella ed il foglio, ma anche l'applicativo; qualcosa di simile forse a quello che si fa con DDE

Es:http://broadwin.com/Manual/EngMAN/12.4.9_DDEPOKE.htm