dove scrivi:

Codice PHP:
//numerazione messaggi    
$numero_record_totali2= ($numero_record_totali2-1); 
stai creando una varibiabile che è il numero di messaggio...

stavo pensando: fai così:

riga 77
Codice PHP:
$num_mess=$inizio; 
riga 96 al posto di $numero_record_totali2= ($numero_record_totali2-1);
Codice PHP:
$num_mess++; 
riga 114 al posto di <td><?=$numero_record_totali2?></td>
Codice PHP:
<td><?=$num_mess?></td>
ovvero, se ci pensiamo un attimo, la variabile inizio che usi nel LIMIT, non è nient'altro che il numero di messaggio al quale vai a puntare