Gli script javascript vengono eseguiti sul client ed il server, se li trasmette completi ed immutati, non puo' influire sulla loro corretta esecuzione.

Talvolta pero' i server gratuiti aggiungono alle pagine alcuni script a loro utili (se leggi bene il contratto scopri che lo possono fare e non li puoi eliminare) per il tracciamento o per inserire banner pubblicitari... questi script potrebbero inibire alcune funzionalita' o usare variabili con il nome casualmente uguale a quelle usate nei tuoi script... causandone il malfunzionamento.

Inoltre altrettanto spesso le pagine hostate gratuitamente lo sono in un frame, che puo' causare ulteriori problemi.

Escludendo il caso del nome delle variabili, negli altri non puoi intervenire (ed il regolamento ne escude la discussione in questo forum), ne puoi solo tener conto per complicare i tuoi script.

Tutto questo in linea teorica, dato che hai fornito solo indicazioni vaghe...

ciao