Da quel che penso di aver capito....

Nel file da includere puoi dichiarare due stringhe (diciamo $prima e $seconda) che contengano il testo (o codice HTML) che vuoi includere.

Poi nella pagina primaria includi un'unica volta il file e richiami solo le due variabili dove occorrono.

Esempio pratico:

Pagina inclusa.php
Codice PHP:
<?php

$prima="Benvenuto";

$seconda="Fine pagina";

?>
Pagina index.php
Codice PHP:
<?php

include("inclusa.php");

echo $prima.' mezza pagina '.$seconda;

?>