Non so se ho capito bene cosa volevi dire..ad ogni modo..ho risolto così.Ho specificato nel .bashrc il classpath e modificato in geany i comandi genera ed esegui rispettivamente
codice:
javac -classpath ".:/usr/lib/jvm/java-6-sun/bin/fiji.jar" "%f"
ed
codice:
java -classpath ".:/usr/lib/jvm/java-6-sun/bin/fiji.jar" "%e"
ora funziona tutto alla perfezione