"r+" è la modalità di accesso, ma devi aggiungere in coda


fwrite ($fh, $str); SUBITO PRIMA di fclose(...)


tuttavia suggerisco un'altra strada: nel tuo caso forse è meglio usare solo "r" e aggiungere SUBITO DOPO fclose(...)

@$fh = fopen("user/index.php", 'w');
@fwrite($fh, $str);
@fclose($fh);

cioè prima leggi il file e lo modifichi, poi lo "chiudi", quindi lo riapri per scriverci dentro la versione modificata


PROVA MAGARI ENTRAMBE LE COSE: se la prima ti va bene fermati lì. FAI COMUNQUE UNA COPIA DI SICUREZZA DEL FILE PRIMA DELLE PROVE.