Credo che il codice che fa al tuo caso deva essere + o - cosi:

codice:
<script type='text/javascript'>
  function sel(a) {
	var theForm = document.getElementById('myForm');
    for (i = 0; i < theForm.elements.length; i++) {
      document.getElementById('mycheckbox'+i).checked = a;
    }
  }
</script>

<form id="myForm">
  <input type="checkbox" onclick="sel(this.checked)" /> Select / Unselect all



  <input type="checkbox" id="mycheckbox0" /> somevalue1

  <input type="checkbox" id="mycheckbox1" /> somevalue2

  <input type="checkbox" id="mycheckbox2" /> somevalue3
</form>