Dovresti modificare anche quelle
codice:
#body {
	width: 977px;
	height: 187px;
	margin: -143px auto;
	background: url(part2.gif) no-repeat left top;
}

#footer {
	width: 977px;
	height: 86px;
	margin: 143px auto;
	background: url(part3.png) no-repeat left top;
}
come vedi #body -> margin: -143px auto;
e #footer -> margin: 143px auto;

se fai #header -> margin: 20px auto; (per esempio)
allora dovrai fare
#body -> margin: -21px auto;
#footer -> margin: 21px auto;