Da quel che ho capito, tu se incontri un caratteri tipo ,.; passi alla parola successiva.
Se così è non devi usare continue bensì break, perchè tu devi uscire dal ciclo più interno, e poi passare al ciclo successivo del primo for, ovvero passare alla parola successiva. Così non lo stai facendo...per me ti conviene salvare tutto in una stringa e poi lavorare sulle stringhe è molto più semplice...