appunto perchè il "problema di compatibilità" può avere diverse cause - box model, un bug, errori di sintassi ...) la tua domanda, per come l'hai posta, è fin troppo generica.
Il "come faccio a sapere qual'è il problema" può avere risposta nell'esperienza (man mano che ti capitano, cerchi online o poni al forum domande specifiche) e nello studio (positioniseverything.net e css-zibaldone.com sono una buona risorsa, ad esempio. Importante è anche la validazione del codice).

ti sposto