Non puoi mettere 3 librerie (prototype/scriptaculous/jquery) e sperare che tutto funzioni, si sovrascrivono soprattutto tra scriptaculous e jquery (mi sembra che ci sia una versione di di jquery compatibile con scriptaculous o viceversa) ma io ti consiglio di usare una sola libreria e sviluppare il sito su quella, forse perdi qualche effetto/transizione ma ti risparmi tanti problemi.