Siccome si tratta di molte immagini da rimpicciolire, potresti provare con IrfanView, che ha la modifica in batch di più file assieme.

Per quanto riguarda l'alterazione dei colori, potrebbe dipendere dalla concomitanza di rimpicciolimento e compressione? Da IrfanView puoi gestire la qualità dell'immagine che salvi, nonché attivare/disattivare il sottocampionamento, il progressivo...
Provalo, tanto è freeware.