ci sarebbero da dire 2 o 3 cosette (non da poco pero'):

deve essere abilitato l'uso delle innoDB nel file di configurazione di mysql. solitamente my.ini:
#*** INNODB Specific options ***

Quando si copiano le tabelle (export od import che sia) il server mysql su cui si agisce deve essere stoppato a priori.

Le tabelle InnoDB non si possono esportare con un semplice copia incolla ma va eseguito il backup/restore.

Ultimo ma non per ultimo cambiando la versione del server "potrebbero" (potrebbero perche' non si sa/dici da quale versione arrivano le tabelle) avere una struttura diversa e quindi necessitano di backup/restore per adattare i dati alla struttura ricevente.