se intendi usare i comandi di gestione file del PHP (altrimenti è un problema di comandi FTP e quindi OT) puoi usare rmdir e ciclare nei contenuti...


dai contributi sul sito ufficiale:

Codice PHP:
function deltree($dir) {
    
$files glob$dir '*'GLOB_MARK );
    foreach( 
$files as $file ){
        if( 
substr$file, -) == '/' )
            
delTree$file );
        else
            
unlink$file );
    }
    
rmdir$dir );

e poi richiami la funzione deltree passando come parametro la cartelle principale.

ATTENZIONE, NATURALMENTE!