Supponendo tu parli di output su browser stai considerando l'esecuzione PHP in un modo errato... lo script PHP viene eseguito e quindi crea il "buffer" che sarà mostrato nel browser... l'esecuzione non avviene con output in tempo reale (forse hai esperienze di altri linguaggi di questo tipo?). In pratica il codice genera un contenuto che poi è caricato nel browser "per intero" (semplifico un po' per capire).

Per ottenere quello che vuoi dovresti lavorare con javascript.

Se invece lavori in modalità "console" allora usa "sleep(3);" per un ritardo di 3 secondi o cambia il valore con quel che vuoi.