Il problema sta proprio in come e` realizzato il JS.
Quel JS crea codice HTML che contiene al suo interno vari tag e attributi HTML di formattazione.

Per correggere occorre riscrivere completamente il JS, curando soprattutto il codice HTML generato.

Intanto sposto in JS, ma devi capire che occorre rivedere completamente il progetto, altrimenti non riesci a venirne a capo.