non c'è una risposta giusta o una sbagliata. O forse la risposta giusta c'è ed è: dipende.
Da un'infinità di fattori chiari e meno chiari (che spesso si chiariscono col tempo...purtroppo) in cui è immerso il tuo progetto.

Da un punto di vista di "pulizia" potrebbe essere buona cosa centralizzare le logiche di business (magari utilizzando "poche" tecnologie). Ma la "pulizia" non è (sempre "purtroppo") il driver che guida le scelte nei sistemi informatici o gestionali.

Da quel che ho inteso, se hai intenzione di utilizzare Hibernate, potrebbe non essere una scelta felice quella di portare logiche di business sul DB. Potrebbe essere preferibile avere un middle-layer (magari un progetto a se stante) in cui risiedano le logiche di business da applicare alle tue entità Hibernate.