devi aprire il file my.ini e cerca la sezione che parla delle InnoDB.

devi modificare secondo il path della tua installazione le righe interessate e togliere il rem ( il # ) davanti alle righe di configurazione delle tabelle InnoDB

un esempio:

codice:
# Uncomment the following if you are using InnoDB tables
# Qui devi modificare i vari c:\mysql\data/ mettendo il tuo path reale.
innodb_data_home_dir = C:\mysql\data/     
innodb_data_file_path = ibdata1:10M:autoextend
innodb_log_group_home_dir = C:\mysql\data/
innodb_log_arch_dir = C:\mysql\data/
# You can set .._buffer_pool_size up to 50 - 80 %
# of RAM but beware of setting memory usage too high
innodb_buffer_pool_size = 16M
innodb_additional_mem_pool_size = 2M
# Set .._log_file_size to 25 % of buffer pool size
innodb_log_file_size = 5M
innodb_log_buffer_size = 8M
innodb_flush_log_at_trx_commit = 1
innodb_lock_wait_timeout = 50
E per non complicarti la vita oltremodo fai pure il restart del pc per riavviare mysql. Se sei incerto sul come fare credo sia meglio.

se hai tempo e voglia scaricati e installati la GUI TOOLS di Mysql

http://dev.mysql.com/downloads/gui-tools/5.0.html

e magari mentre ci sei anche la versione di mysql 5.0.85 che "forse" gia' di default ti abilita le innodb, se non lo fa lei lo farai tu, poco importa.

http://dev.mysql.com/downloads/mysql/5.0.html#win32

Quando avrai installato la gui tools troverai una serie di programmi per gestire mysql. Uno si chiama MySql system tray monitor e ti serve per start/stop del server, l'altro Mysql Administrator per modificare con estrema semplicita' il file di configurazione per le tue innodb e molto altro.