Secondo me ti potresti appoggiare ad php o asp, creando quindi delle aree private con visualizzazione di contenuti personalizzati.
Se esempio metto la mia password mi farai vedere il file 1 della cartella 3 e il file 4 della cartella 2, ad un altro con un altra password una cosa simile.
E se proprio vuoi essere sicuro metti la password anche sullo zip, magari la stessa della zona privata, magari lunga più di 10 caratteri cosi chi vuole usare programmi "furbi" per accedere al contenuto ci mettera gli anni a dir poco( se la password non è di quelle facili).