Ti metto lì 3 cose:
1) il driver. io ho sempre usato org.gjt.mm.mysql.Driver con discreto successo;
2) a me 'sta cosa del newInstance() proprio non mi convince. io lo toglierei;
3) io l'istanza di connessione di norma la faccio così: conn = DriverManager.getConnection("jdbc:mysql://"+serverName+":3306/"+database, username, password).

Vedi se questi accorgimenti ti possono aiutare.

ciao