Devi individuare la finestra principale dell'applicazione e attivarla. Per la prima operazione devi utilizzare EnumWindows per ottenere tutte le finestre aperte, di ciascuna - se è visibile (IsWindowVisible) ottenere l'ID del processo a cui appartiene (GetWindowThreadProcessId), confrontarlo con quello del processo appena creato (fornito dalla CreateProcess); una volta trovata tale finestra usa SetForegroundWindow per attivarla.
Tra la chiamata a CreateProcess e l'inizio di tutte queste operazioni ti conviene chiamare WaitForInputIdle in modo da dare al processo modo di avviarsi prima che tu vada ad interferire con esso.