Innanzitutto ti suggerisco di aggiornare eMule alla versione 0.49c.

Il blocco dei download può dipendere da varie cause, mi viene da pensare a spazio insufficiente per gestire tutti i download, oppure che non sei connesso ad alcun server...

Ti esce qualche scritta nella barra di stato in basso, dove dovrebbe esserci "Connessione stabilita con..."? Vedi anche che dice la scheda Registro eventi nella schermata Server.