Una cosa sono le inclusioni di librerie visibili server-side (e normalmente non saranno accessibili lato client), un'altra sono le inclusioni di librerie utilizzate da applet, che invece sono decisamente visibili (e accessibili al client). Per esemplificare, la cartella WEB-INF è perfettamente accessibile da tomcat, ma non dovrebbe esserlo affatto al browser di un tuo visitatore.

Devi quindi sviluppare la tua applet posizionando le librerie accessorie e il compilato dell'applet stessa in un posto che anche il browser di un visitatore possa accedere - ovvero per esempio
codice:
\index.jsp
\applet\libreria.jar