Ho risolto il problema. In pratica usando Eclipse se importavo automaticamente la libreria per InputStream mi importava un'altra libreria invece che java.io.InputStream.

Ora non mi genera più errori di compilazione però purtroppo non riesco ad eseguire comunque il jar file.
Io ho un eseguibile JAR sul desktop funzionante(se faccio doppio click mi genera il grafico)però avviandolo con le classi che mi hai indicato mi genera errore.

Con le istruzioni :

codice:
RunnableHelper run = new RunnableHelper();

run.runFile((System.getProperty("user.home") + "/Desktop/Plot.jar"));
mi viene generato l'errore JAVA ERROR Cannot run program "C:\Users\Ste/Desktop/Plot.jar": CreateProcess error=193, %1 non è un'applicazione di Win32 valida