Virus ? in linux non esistono nel senso più totale , se la tua macchina non funge anche da server in rete ibrida con macchine windows , non ti serve un accidente di niente, su rete ibrida serve a difesa dell' utente windows non a te.
I problemi che ti ritrovi sono quindi da attribuire ad altre cause, semprechè siano da ipotetico attacco , sarei più propenso a bacdor che non a rootkit.