Da un + attento esame sia della popup che della transizione, l'operazione si complica (secondo me di molto x un profano) devi ripristinare i file x la transizione nella popup, poi leggere questo post che trovi qui che ti "spiega" come caricare javascript tramite ajax.
Vedi tu se è il caso di mantenere entrambe gli script, visto che l'operazione si complica, ritengo non ci siano altre strade per far coesistere i due script.
Ciao.