Ci sarebbe un po' da scrivere. Più che altro perché mi sembra di capire che tu abbia delle idee un po' confuse.

Per prima cosa conviene installare MySQL in locale e configurarlo in maniera standard tanto per fare un po' di esperimenti. A tal proposito ti consiglio di leggere le pillole su Java e database che trovi qui sul forum (link in rilievo in questa sezione).

Il discorso applet/database conviene lasciarlo a quando sarai un po' più familiare con l'integrazione java (stand alone)/database: non che sia niente di trascendentale, ma perché bisogna considerare alcuni aspetti di sicurezza (limitazioni giustamente imposte alle applet) che rendono la vita un po' più complicata (eventuale firma digitale da apporre)