Codice PHP:
<?php 
if( ! isset($_SESSION['avvisoBrowserJS']) ) { 
?> 
<script type="text/javascript" language="javascript">

if (document.all){ // Explorer
 alert("Stai utilizzando Internet Explorer.\n Il Sito e' ottimizato per Firefox e Google Chrome.")
}
//-->
</script>
<?php 
$_SESSION['avvisoBrowserJS'] = "qualcosa"; 
} 
?>
Metti questo al posto del codice Javascript da te scritto.
Se è tutto ok e le tue pagine hanno estensione .php funzionerà tutto e la prima volta che uno accede al tuo sito riceverà l'avviso, mentre per le pagine successive no.
L'avviso si rinnoverà ogni volta che uno accederà al tuo sito, dopo aver chiuso il browser.
Comunque fai una prova e vedi.