Non ho ben capito cosa tu voglia fare comunque quello che intendevo io è

Dim Vettori(2,2000) as Integer

cosi hai effettivamente due vettori, il vettore Vettori(0,i) e il vettore Vettori(1,i)
dove i è una variabile che varia tra 0 e 1999, il codice che hai proposto tu credo che ti dia errore perchè un vettore dichiarato in quel modo non ha alcun elemento al suo interno, o ben che vada ne ha solo uno.... se poi devi scambiare switchare i dati tra i vettori ti serve una variabile d'appoggio

Dim Temp as Integer

For i=0 To 1999
Temp = Vettori(0,i)
Vettori(0,i)=Vettori(1,i)
Vettori(1,i)=Temp
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Il mio codice è im Vb.Net, anche se è un algoritmo piuttosto standard non so quali strutture dati ci siano effettivamente VBA comunque spero serva per farti un'idea..