in generale, nel web
la richiesta viene interpretata dal server
il server genera il codice client e lo manda al browser
il browser visualizza la pagina.

Quindi "passare parametri da javascript a c#" non vuol dire nulla.

Quello che puoi fare e' fare una NUOVA RICHIESTA al server.

e per farla asincrona (cioe senza ricaricare la pagina) puoi usare ajax.

Cmq se ci dici l' esigenza piu nel suo complesso magari possiamo aiutare meglio