Devi modificare il file /boot/grub/menu.lst di Ubuntu.
Verifica su che partizione è installato Windows.
Da come ho capito, il problema sta nel fatto che certi produttori creano
una partizione primaria per il ripristino del sistema Windows (solitamente
la prima partizione sda1). L'installer di Ubuntu ha riconosciuto quella come
la partizione di Windows e l'avvia da lì.
Eventualmente posta il file sopra menzionato.