Prova a vedere in Opzioni, Cartelle, se hai questa configurazione.
File completati: C:\Programmi\eMule\Incoming
File temporanei: C:\Programmi\eMule\Temp
Cartelle condivise: la cartella Incoming dei file completati (segui le cartelle in grassetto...).

Vai anche su File condivisi.
Hai controllato se la scheda di Cartelle condivise è "aperta"? Deve stare il "-" non il "+", e dentro ci sta la cartella Incoming con i file coincidenti alla cartella File completati.