Allora in questo caso ti conviene direttamente leggere il file in word cercando le stringhe che ti interessano e fare un replace in modo da sostituire con quelle che vuoi tu.
Se il file word che leggi in input non deve essere modificato rispetto al file di output che andrai a modificare, allora copiati il file in word all'inizio e lavora sulla copia.
Se lavori direttamente all'interno del file word senza importarti il contenuto in una texbox, non cambierà la formattazione, quindi non avrai più problemi.
Spero di esserti stato chiaro...
Alla prossima...Ciao