Un attimo...se hai detto che hai detto che hai una partizione che non utilizzi da anni vuol dire che, almeno, ne hai due...dovresti formattare quella dove risiede win2000..è ovvio che su fai bootare win2000 vedrà la sua partizione d'installazione come C: e idem farà XP.

Devi formattare la partizione dove risiede win2000...occhio però a una cosa...devi guardare nel boot.ini qual è il sistema operativo predefinito.

Altra cosa: cancellando la partizione inutile, non migliorerai le prestazioni di nulla.