L'unico consiglio che posso darti, essendo un operazione complessa crea le checkbox fisicamente <input type="checkbox".../> non dinamicamente col javascript (se ho capito bene) il javascript e ajax non digeriscono (troppo lungo spiegarlo) che in una pagina caricata vi sia al proprio interno javascript.
Se cosi non risolvi e non vuoi studiarti le guide che t'ho consigliato attendi qualcuno + eseperto che possa risolverti il problema.