Parlando di includere vuoi dire usando include() e non auto_prepend_file, no? L'AddHandler qua non serve proprio, perché praticamente istruisce solo l'Apache di usare mod_php anche per file .html, che però succede automaticamente usando include() or require().

Comunque, includere HTML può creare a volte problemi, quando per esempio poi ci sono due <html> tag etc. ..... potresti postare il tuo code rispettivamente l'html che stai includendo?