Ciao,
ho visto che hai già modificato la pagina per gestirla con table e #container è sparito del tutto.
Perché l' allineamenta verticale sortisca effetto, assegnamo alla tabella contenitrice height="100%" (si estende per l' altezza della finestra) ed è bene cambiare anche il !DOCTYPE

codice:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
... ...

<body>
<div align="center">
  <table width="900" height="100%" border="0" cellpadding="50" cellspacing="0">
    

    <tr>
      <td align="center" valign="middle"><script type="text/javascript">

... ...
Questa è la "vecchia maniera" dell' HEIGHT assegnato alla TABLE come Attributo classico.
Con Valore in pixel o in % percentuale, è riconosciuto da tutti i Browser ma W3C ne ha deprecato il Valore in % percentuale; quindi se hai necessità di avere un Documento validato, assegna quella altezza con lo stile, così:

&#60;table width="900" border="0" cellpadding="50" cellspacing="0" style="height: 100%"&#62;

W3C Validator non fa problemi con l' altezza assegnata alle celle TD invece.

Buona iornata,
Enzo - (Liguria).