ho risolto così!

Codice PHP:
    $tempo_lavorato = (strtotime($durata_sessione2))-(strtotime($fermi_produzione));
    $tempo_lavorato = $tempo_lavorato-3600;
    $tempo_lavorato = date("H:i:s", $tempo_lavorato); 
ho trasformato in timestamp e fatto la sottrazione

ho aggiunto al risultato un'ora (non so perchè, ma mi usciva il risultato con un'ora in più del dovuto)

ho riportato il risultato nel formato iniziale.