Con gli swf non so, ma se riesci a convertirli in avi, magari qui http://media-convert.com/conversione/ , poi con Virtual Dub li puoi agganciare col metodo che ti ho detto...

Qualora ci fossero problemi è perché i video hanno caratteristiche differenti (framerate, altezza/larghezza...): se puoi fissare tali valori sul sito di conversione, ti risparmi un passaggio.

Il tuo problema è il formato swf che male si presta per l'edizione di video.