Per sapere se il virus è nel tuo PC oppure c'è qualcosa che non va nel sito ovviamente ti basta cambiare PC e fare una prova..

Sul sito:

Attacco cracker al tuo sito (errore di un tuo script o exploit su bug noto di sw che potresti aver usato) -> correggere sript e aggiornare programma Web
oppure all'hosting (dubito dato che sono più d'uno)
oppure accesso FTP al posto tuo -> cambia PWD
oppure inclusione volontaria da parte tua di scripting esterni (tipo counter).